上海市儿童医院皮肤科是国内较早成立的小儿皮肤专科之一，设有儿童皮肤科门诊和性病门诊，拥有“上海市儿童医院血管瘤诊治中心”。目前科室人员20名，正高2名，副高3名，中级12名，具有博士学位3名，在读博士1名、硕士学位11名，另有专科护士5名。北京西路、泸定路两个院区分别安排皮肤专科门诊、专家门诊和皮肤科特需门诊。为了方便病人就诊，特设立“特应性皮炎过敏专科”、“血管瘤专科”、“祛斑疤痕专科”、“白斑专科”、“毛发指甲专科”、“痤疮专科”、“门诊手术专科”、“色素痣皮肤镜专科”、“荨麻疹专科”、“银屑病专科”和“腋臭、臭汗症专科”等优势病种的诊疗。在治疗儿童湿疹、特应性皮炎、皮肤血管瘤、急慢性荨麻疹、脱发、白癜风、瘢痕修复、药疹、痤疮、玫瑰糠疹、疥疮、遗传性皮肤病、各种胎记（如咖啡斑、太田痣等）、各种皮肤肿物（各种痣、皮肤肿瘤等）、外阴疾病（外阴炎、外阴白斑、阴道炎等）、指趾甲疾病和各种病毒疣（传染性软疣、寻常疣、扁平疣等）和性病等方面积累了丰富的临床经验，并形成了自己的专科特色。对特应性皮炎、湿疹等过敏性疾病的诊治中西医协同，另引入了生物制剂、小分子药物治疗，多管齐下、临床疗效显著。如对血管瘤的诊治应用激光、外用药、口服药和手术等，取得良好疗效、树立特色优势。